Attirés hors de leur hôtel par un appel téléphonique qui lui demandait de l’aider à régler un litige foncier, Anter et un ami sont partis en taxi avec un inconnu, décrit comme âgé de 25 à 30 ans. Lorsqu’ils ont commencé à soupçonner qu’un piège leur était tendu, ils ont exigé de sortir du taxi. L’homme qui les accompagnait est également sorti et, les ayant précédés, a commencé à leur tirer dessus avec une arme à feu.
Anter a été touché par quatre balles et est décédé peu après. Son ami, touché par deux balles, a été grièvement blessé. Amnesty International a indiqué qu’un pistolet de 9 mm à 14 coups a été utilisé lors de l’attaque, qui s’est produite, selon l’organisation, à la périphérie de la ville, près d’un commissariat de police et d’un poste de contrôle routier.
Anter, qui ne vivait pas à Diyarbakır, était de passage dans la ville pour signer des livres lors d’un festival culturel. Un groupe jusqu’alors inconnu, Boz-Ok, a revendiqué la responsabilité du meurtre, mais les rédacteurs de Yeni Ülke et Özgür Gündem ont démenti cette accusation, accusant l’État et les contre-guérilleros.
Né en 1920 dans le village de Zivingê, dans la province de Nusaybin, Anter a vécu au cours de sa vie de nombreuses expériences que d’autres ne connaissent que par ouï-dire. Il a vécu les années de fondation de la République turque, le soulèvement de Cheikh Saïd et le génocide de Dersim alors qu’il était écolier, et la Seconde Guerre mondiale alors qu’il était étudiant.
Il fut l’un des protagonistes du bref printemps du mouvement national kurde à la fin des années 1950 ; lors du « Procès des 49 », il fut accusé de propagande kurde et de séparatisme. Le fond de son œuvre était son poème Qimil (Charançon), qu’il avait publié en kurde dans la revue Ileri Yurt en août 1959. La revue, basée à Amed (Diyarbakir), était à nouveau la première revue depuis des décennies à traiter de la question kurde. Musa Anter en était le rédacteur en chef.
Abdülkadir Aygan, un ancien militant du PKK devenu informateur et recruté par le JITEM (le service de renseignement et de lutte contre le terrorisme de la gendarmerie turque), a déclaré avoir fait partie d’une unité du JITEM, avec un « Hamit » de Şırnak, qui avait assassiné Musa Anter.
La Turquie a été reconnue coupable du meurtre d’Anter en 2006 par la Cour européenne des droits de l’homme (CEDH) et condamnée à une amende de 28 500 euros.
En 2009, 17 ans après le meurtre, les procureurs turcs ont rouvert le dossier après l’interrogatoire de Aygan en 2004, au cours duquel il avait avoué avoir été impliqué dans le meurtre d’Anter. En 2010, l’affaire a été fusionnée avec deux autres procès impliquant plusieurs membres présumés du JITEM, dont Aygan, comme accusés. Le procès fusionné a commencé à être connu sous le nom de « procès JITEM principal » (car il y en avait d’autres). L’armée turque a confirmé l’existence officieuse du JITEM en tant qu’unité de renseignement temporaire de 1988 à 1990, qui a été officialisée avant d’être dissoute en 2001, selon un mémo du procès.
Hamit Yıldırım, qu’Aygan accusait d’être le tireur, a été arrêté en Turquie en 2012 mais libéré en 2017, lorsque la limite légale pour qu’une personne soit détenue sans condamnation a été atteinte.
Le procès a été transféré de Diyarbakır à Ankara en 2015 pour des raisons de sécurité.
L’affaire du meurtre d’Anter, ou le « procès principal JİTEM », a été abandonnée par le sixième tribunal des crimes graves d’Ankara le 21 septembre 2022, en raison du délai de prescription.